Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 305-311

Microbioma y secuenciación masiva

AVELINA SUÁREZ MOYA

El microbioma humano es un ecosistema interno constituido por el hombre y los microorganismos que en él conviven, microorganismos esenciales para mantener su salud, pues junto con el sistema inmunológico protegen frente a patógenos invasores y mantienen la salud.
La base de la microbiología tradicional ha sido el cultivo bacteriano, sin embargo la mayoría de los microorganismos observables en la naturaleza, no se cultivan mediante técnicas habituales, por ello en la actualidad, la era molecular ha permitido identificar estos microorganismos en base a su huella genética, gracias a la metagenómica.
La subunidad 16S del ARN ribosomal es considerada como la diana universal para la identificación bacteriana a partir del ADN, con la ayuda de la secuenciación. El método de Sanger o secuenciación de primera generación terminó imponiéndose por su sencillez y precisión, posteriormente se desarrolló la segunda generación, o de alto rendimiento capaz de generar cientos de miles de reacciones de secuencias de manera más rápida y económica, sin embargo, es la secuenciación de tercera generación, la que lleva al límite los avances de la nanotecnología.
Con la utilización del gen de referencia, las técnicas de secuenciación masiva y las herramientas bioinformáticas para el tratamiento de datos, se ha podido conseguir una información sobre el microbioma humano, con un nivel de detalle sin precedente en cuanto a taxonomía y función de los microorganismos, lo que ha supuesto una autentica revolución no solo en su conocimiento sino también en su implicación en la salud o de enfermedad del ser humano.

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 341-349

Valoración de la adherencia al tratamiento antibiótico en Atención Primaria mediante la determinación de niveles del fármaco utilizando una técnica de cromatografía líquida

PAOLA NAVARRO-GÓMEZ, ANTONIO SORLÓZANO-PUERTO, MARÍA DEL MAR OLMO-NAVAS, PABLO NIETO-GUINDO, RAMÓN DUEÑAS-ALCALÁ, JOSÉ GUTIÉRREZ-FERNÁNDEZ, ROBERTO ROMERO-GONZÁLEZ, MANUEL ÁNGEL RODRIGUEZ-MARESCA

Introducción. La falta de adherencia a los tratamientos antibióticos es una cuestión de especial interés, que tiene importantes implicaciones clínicas, pues se asocia a fallo terapéutico y al aumento de las resistencias bacterianas, ocasionando un alto coste sanitario. El objetivo de nuestro trabajo fue valorar, en pacientes ambulatorios, el grado de adherencia a los tratamientos antibióticos prescritos, a través de la detección de éstos en sangre, orina o esputo.
Material y métodos. Se determinaron las concentraciones de los antibióticos prescritos en 39 pacientes (34 con sospecha clínica de infección del tracto urinario y 5 de infección de vías respiratorias bajas) atendidos en consultas de Atención Primaria del Distrito Sanitario de Almería (España), mediante una técnica de cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem.
Resultados. El 48,7% de los pacientes no cumplió de manera correcta con el tratamiento indicado, debido a la omisión completa o parcial en la toma de los antibióticos prescritos. Esta falta de adherencia fue independiente de la edad y sexo de los pacientes, del número de dosis diarias del antibiótico y de que estuvieran, o no, recibiendo otra medicación.
Conclusiones. Consideramos que técnicas analíticas precisas, como la cromatografía líquida, pueden ser útiles para detectar los tratamientos inadecuados o incompletos, así como el grado de adherencia de los pacientes ambulatorios, y, de esta forma, poder establecer medidas adecuadas que incidan en el control del cumplimiento terapéutico.

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 319-326

Eventos adversos relacionados con la medicación en los hospitales de la Comunidad Valenciana. Estudio EPIDEA 2005-2013

JUAN BAUTISTA MOLLAR-MASERES, JESUS MARÍA ARANAZ-ANDRÉS, JOSÉ MARÍA MARTIN-MORENO, JUAN JOSÉ MIRALLES-BUENO, JUANA REQUENA-PUCHE, HÉCTOR ROLANDO MARTÍNEZ-MOREL, MARÍA MERCEDES LUJÁN-TOLOSA

Introducción. Determinar la prevalencia de eventos adversos relacionados con la medicación (EAM) en los hospitales de la Comunidad Valenciana en el periodo de estudio 2005-2013. Conocer los factores de riesgo asociados, su análisis e impacto.
Material y métodos. El trabajo está basado en los datos y metodología del Estudio de Prevalencia de Eventos Adversos en los hospitales de la Comunidad Valenciana (EPIDEA), desde 2005 hasta 2013. Se analizaron los EAM  producidos en cada año.
Resultados. Se identificaron 344 EAM que ocurrieron a 337 pacientes, entre 35.103 pacientes estudiados, lo cual constituye una prevalencia de EAM de 0,96% (IC95% 0,89-1,07). Los factores de riesgo intrínseco para EAM más prevalentes fueron hipertensión, diabetes y neoplasia. Los factores de riesgo extrínseco más prevalentes fueron catéter venoso periférico, sonda urinaria cerrada y catéter venoso central. Los grupos terapéuticos más implicados fueron antibióticos sistémicos, fármacos cardiovasculares, y antineoplásicos. El 61,17% de los EAM fue clasificado como moderado, un  27,18% como leve y un 11,65 % como grave. El 33,99% de los EAM prolongaron la estancia del paciente y un 39,90% fueron causa de reingreso del paciente. Globalmente, el 58,5% de los EAM fueron evitables. Según gravedad, fueron evitables el 46.3% de los EAM  leves, el 60.3% de los EAM moderados, y el 75% de los EAM graves (p=0.013).
Conclusiones. La prevalencia de pacientes con EAM en la Comunidad Valenciana durante el periodo 2005-2013 fue de 0,96%. Más de la mitad de EAM fueron evitables, observándose una relación directa significativa entre la evitabilidad de los EAM con la gravedad de los mismos.

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 372-378

Ideas equivocadas de los médicos de atención primaria españoles en cuanto al manejo de las infecciones urinarias y bacteriuria asintomática: un estudio basado en un cuestionario online

CARLES LLOR, ANA MORAGAS, SILVIA HERNÁNDEZ, SILVIA CRISPI, JOSEP M. COTS

Introducción. Tanto el diagnóstico como el manejo de las infecciones del tracto urinario (ITU) varían entre países y consultas. El objetivo de estudio fue conocer las percepciones de les médicos de atención primaria en cuanto al manejo de las ITU y bacteriuria asintomática en España.
Métodos. Estudio transversal, basado en un cuestionario realizado online entre julio y septiembre de 2013. Se invitó a participar a los médicos de la sociedad científica más importante de atención primaria de España (Sociedad Española de Medicina Familiar y Comunitaria), a quienes se preguntó por las pruebas que solicitan en las ITU no complicada y complicada, así como el manejo en tres escenarios clínicos, que se basaban en una mujer de 50 años con 1. Una ITU no complicada, 2. Una ITU complicada y 3. Una bacteriuria asintomática.
Resultados. Contestaron el cuestionario 1.239 médicos (6,7%). Los médicos declararon pedir urocultivos en un 26,3% de las ITU no complicadas y en un 71,8% de los casos de ITU complicadas mientras que admitieron usar preferentemente tiras reactivas de orina en la ITU no complicada (38,2%). Un 22% y un 13,2% de los médicos admitieron no prescribir antibióticos en casos de bacteriuria asintomática de bajo recuento y de alto recuento, respectivamente.
Conclusiones. Los médicos de atención primaria tienen ideas equivocadas en cuanto a indicaciones de solicitar urocultivos, interpretar las distintas definiciones de las ITU más frecuentes y de tratar ITU y la bacteriuria asintomática. La utilización innecesaria de antibióticos en pacientes con bacteriuria asintomática es considerable en España.

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 350-354

Influencia de la protocolización del tratamiento inicial con corticoides en la estancia y costo de las neumonías adquiridas en la comunidad. Estudio prospectivo 2015

JOAQUÍN GÓMEZ GÓMEZ, JORGE-LUIS GÓMEZ TORRES, ALICIA HERNÁNDEZ TORRES, JOSÉ ANTONIO GARCÍA CÓRDOBA, MANUEL CANTERAS JORDANA

Objetivos. Valorar el impacto que la inclusión inicial de corticoides en el protocolo de tratamiento de un paciente con neumonía de la comunidad (NAC) puede tener en la estancia y costo de los procesos en enfermos ingresados con este diagnóstico en un hospital clínico universitario.
Pacientes y métodos. Estudio prospectivo de los pacientes ingresados con el diagnóstico de NAC en los Servicios de Medicina Interna e Infecciosas durante los meses de enero a marzo de 2015; los pacientes se clasificaron en Grupo I, en caso de haber recibido esteroides desde el diagnóstico del proceso neumónico y hasta la finalización del tratamiento antibiótico y en Grupo II, si no habían recibido esteroides; la ad-inistración o no de esteroides  fue realizada según la práctica clínica de cada médico responsable del paciente. Se valoró el costo según el GRD de NAC.
Resultados. La edad < de 65 años es más frecuente en el grupo I que en el II, siendo el único factor diferencial entre ambas cohortes con significación estadística (p<0,05). En el análisis bivariado, las estancias medias del grupo I (5,37 vs 8,88 días) fueron significativamente menores (p<0,0005) y también lo fueron los costes (2.361 euros vs 3.907 euros) (p<0,0005).  En el estudio multivariado se asociaron de forma independiente los costes altos (>3.520 euros) a los pacientes con  EPOC (OR=2,602; IC95% 1,074-6,305) y al grupo II (pacientes que no habían recibido esteroides) (OR=6,2; p=0,007).
Conclusiones. El no utilizar corticoides en el tratamiento de los pacientes con neumonías comunitarias se asoció, junto con el ser EPOC a un mayor coste del ingreso, valorado por el GRD/estancia diaria.

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 327-333

Complicaciones infecciosas relacionadas con el drenaje ventricular externo. Incidencia y factores de riesgo

LUCÍA LÓPEZ-AMOR, LUCÍA VIÑA, LORENA MARTÍN, CLEMENTINA CALLEJA, RAQUEL RODRÍGUEZ-GARCÍA, IVÁN ASTOLA, LORENA FORCELLEDO, LAURA ÁLVAREZ-GARCÍA, CARMEN DÍAZ-GÓMEZ, JAVIER FERNÁNDEZ-DOMÍNGUEZ, FERNANDO VÁZQUEZ, DOLORES ESCUDERO, GRUPO DE INVESTIGACIÓN EN MICROBIOLOGÍA TRASLACIONAL DEL INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN SANITARIA DEL PRINCIPADO DE ASTURIAS (ISPA)

Introducción. Las complicaciones infecciosas relacionadas con el drenaje ventricular externo (CIRDVE) son un problema importante en las Unidades de Cuidados Intensivos (UCI) neuroquirúrgicos. El objetivo del estudio es conocer la incidencia de CIRDVE y analizar los factores implicados.
Material y métodos. Estudio retrospectivo en una UCI polivalente de adultos de un hospital universitario de tercer nivel. Se incluyeron todos los pacientes con drenaje ventricular externo (DVE) excepto aquellos diagnosticados de una infección del sistema nervioso central previa al implante.
Resultados. Se incluyeron 87 pacientes, 106 DVE. Diagnóstico previo más frecuente: hemorragia subaracnoidea (49,4%). Presentaron CIRDVE 31 pacientes con 32 DVE. La tasa de CIRDVE fue de 19,5 por mil días de catéter y de ventriculitis 14 por mil días de catéter. Presentaron CIRDVE el 31,6% de los pacientes y ventriculitis el 25,3%. Los pacientes con CIRDVE tuvieron más manipulaciones del DVE (2,0 ± 0,6 vs. 3,3 ± 1,0 p=0,02), reposicionamiento (0,1 ± 0,1 vs. 0,2 ± 0,1) y mayor estancia media en UCI y hospitalaria (29,8 ± 4,9 vs. 49,8 ± 5,2, p<0,01 y 67,4 ± 18,8 vs, 108,9 ± 30,2, p=0,02 respectivamente). Los DVE con CIRDVE tuvieron mayor permanencia, tanto al diagnóstico como a la retirada (12,6 ± 2,1 vs. 18,3 ± 3,6 y 12,6 ± 2,1 vs. 30,4 ± 7,3, p<0,01). No hubo diferencias en mortalidad.
Conclusiones. Uno de cada 3 pacientes presentó CIRDVE. Los factores relacionados fueron el número de manipulaciones, el reposicionamiento del DVE y el tiempo de permanencia. Los pacientes con CIRDVE tuvieron estancia media en UCI y hospitalaria más larga pero sin incremento en la mortalidad.

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 334-340

Sondas de gastrostomía: indicaciones y complicaciones infecciosas en un hospital terciario

MARÍA JOSÉ MUÑOZ-DÁVILA, JOSÉ MARÍA XANDRI GRAUPERA, GENOVEVA YAGÜE GUIRAO, CARME SALVADOR GARCÍA, MANUEL SEGOVIA HERNÁNDEZ

Introducción. La sonda de gastrostomía es la modalidad de eleccio?n para nutrición enteral de larga duración. Entre sus limitaciones, las infecciones representan la complicación menor de mayor prevalencia. Nuestro objetivo se centra en conocer el número y tipo de sondas de gastrostomía (SG), así como, las características de los pacientes y la prevalencia y tipo de complicaciones infecciosas en nuestro hospital.
Métodos. Estudio retrospectivo observacional desde enero de 2010 a julio de 2015 mediante revisión de la historia clínica electrónica y el software de gestión del laboratorio de microbiología de nuestro hospital. Se ha analizado la identificación y la sensibilidad antibiótica de todos los aislados microbianos de pacientes con SG durante el periodo de estudio.
Resultados. Se realizó gastrostomía endoscópica percutánea en 203 pacientes (70,5%) y gastrostomía quirúrgica en 85 (29,5%). La principal razón identificada para iniciar nutrición enteral a través de SG fue la neoplasia maligna (33,3%), destacando el cáncer de labio, cavidad oral y faringe (11,8%) y el de los diferentes órganos digestivos (8,7%). La prevalencia global de infección del orificio de gastrostomía fue del 16,6%. Los aislados bacterianos más frecuentes fueron: Staphylococcus aureus (21,3%), Pseudomonas aeruginosa (13,1%) y Escherichia coli (9,8). La tasa de aislados multirresistentes fue del 3,1%.
Conclusión. Las indicaciones y el tipo de SG, así como, la prevalencia y microorganismos responsables de complicaciones infecciosas son similares a las publicadas en la literatura. Este estudio permite la adaptación de los protocolos de profilaxis, así como de tratamiento antibiótico empírico al conocer la etiología y la sensibilidad antibiótica de los microorganismos responsables de infección.

Rev Esp Quimioter 2017; 30(5): 334-340 [Texto completo – PDF]

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Rev Esp Quimioter 2017, 30(5): 368-371

Importancia de la autopsia forense en el diagnóstico del shock séptico: a propósito de un caso

AGUSTÍN SIBÓN-OLANO, ENCARNACIÓN SÁNCHEZ-RODRÍGUEZ, MÓNICA PAYÁ, ESTEFANÍA BARRERA-PÉREZ, MANUEL SALGUERO-VILLADIEGO, AMPARO FERNÁNDEZ-RODRÍGUEZ

El shock séptico en ocasiones se inicia con síntomas inespecíficos que dificultan el diagnóstico clínico y por tanto el tratamiento adecuado. Cuando la evolución es fulminante y el resultado es fatal, el único diagnóstico etiológico posible es el post mortem. Las muertes súbitas e inesperadas en los niños y adultos jóvenes son objeto con frecuencia de las autopsias forenses. Algunas muertes súbitas  tienen origen infeccioso, lo que obliga a realizar análisis complementarios, incluidos los microbiológicos, para establecer la causa de la muerte. Se presenta el caso de un varón de 19 meses de edad que, tras sufrir un cuadro banal de una herida en el pie, evolucionó hasta shock séptico y fallecimiento como consecuencia de una sepsis por Streptococcus pyogenes, como se demostró en los estudios post mortem.

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Rev Esp Quimioter 2017, Apr 25

Resistencia a carbapenemas en Pseudomonas aeruginosa aisladas en urocultivos: prevalencia y factores de riesgo

JUDITH ÁLVAREZ-OTERO, JOSE LUIS LAMAS-FERREIRO, LUCÍA GONZÁLEZ-GONZÁLEZ, IRENE RODRÍGUEZ-CONDE, MARÍA JOSÉ FERNÁNDEZ-SONEIRA, ALEXANDRA ARCA-BLANCO, JOSE RAMÓN BERMÚDEZ-SANJURJO, JAVIER DE LA FUENTE-AGUADO

Introducción. Pseudomonas aeruginosa es un bacilo gramnegativo no fermentador con una gran capacidad para desarrollar resistencia a múltiples antimicrobianos, incluidas las carbapenemas, lo que supone un problema creciente a nivel mundial. El objetivo de este estudio fue analizar la prevalencia de P. aeruginosa resistente a carbapenemas (PARC) en urocultivos y evaluar los factores de riesgo asociados al desarrollo de dicho patrón de resistencia.
Material y métodos.  Se seleccionaron los urocultivos positivos para P. aeruginosa realizados en nuestro hospital entre septiembre de 2012 y septiembre de 2014. Se excluyeron los cultivos repetidos procedentes del mismo paciente. Se creó una base de datos con diversas variables, incluyendo resistencias antimicrobianas. Se calculó la prevalencia de resistencia a carbapenemas y se analizaron los factores de riesgo para crecimiento de PARC.
Resultados. Se incluyeron 91 urocultivos positivos para P. aeruginosa. La prevalencia de PARC fue del 22%. Los factores asociados al crecimiento de PARC en el análisis univariante fueron: insuficiencia cardíaca congestiva (p=0,02), tratamiento previo con ampicilina (p=0,04), meropenem (p=0,04), piperacilina-tazobactam (p=0,01), cotrimoxazol (p=0,01) y tratamiento previo con más de un antibiótico (p<0,01). Solamente la insuficiencia cardíaca congestiva (p<0,01) y el tratamiento previo con más de un antibiótico (p<0,01) mostraron diferencias significativas en el análisis multivariante.
Conclusiones. La prevalencia de PARC en urocultivos es elevada en nuestro medio. Debemos considerar la presencia de factores de riesgo como el tratamiento previo con más de un antibiótico o la presencia de comorbilidades como la insuficiencia cardíaca para seleccionar una antibioterapia empírica adecuada en pacientes con infecciones del tracto urinario graves.

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Rev Esp Quimioter 2015:28(1):36-38

Salmonella enterica con fenotipo no clásico de resistencia a quinolonas en pacientes pediátricos                                 
 


Mª JOSÉ GONZÁLEZ-ABAD, MERCEDES ALONSO-SANZ              

 

Introducción. Una sensibilidad disminuida a fluoroquinolonas en Salmonella spp. puede asociar fracaso terapéutico. El empleo de ciprofloxacino en infecciones extraintestinales e intestinales graves por Salmonella spp. es controvertido en niños y, consecuentemente, la repercusión clínica de estos aislados es poco significativa. Por tanto, se desconoce el estado real de la resistencia a quinolonas en la población pediátrica atendida. El objetivo del estudio fue evaluar la incidencia del fenotipo no clásico de resistencia a quinolonas en pacientes pediátricos.
Material y métodos. En el Hospital Infantil Universitario Niño Jesús de Madrid, se estudió la sensibilidad a ácido nalidíxico y ciprofloxacino por microdilución de 268 Salmonella spp. (2009-2013). Además, 146 cepas (2011-2013) fueron estudiadas frente a ciprofloxacino por E-test. Sensibilidad disminuida a ciprofloxacino fue definida como una CMI de 0,125-1 mg/L.
Resultados. De 42 aislados con sensibilidad disminuida a ciprofloxacino, 4 mostraron un fenotipo no clásico de resistencia a quinolonas. Tres aislados eran portadores de genes qnr que determinan resistencia a quinolonas mediada por plásmidos.
Conclusiones. El porcentaje de cepas con un genotipo que confiere un fenotipo no clásico de resistencia a quinolonas es bajo en nuestra serie. Su identificación es difícil empleando métodos convencionales pero su capacidad de diseminación recomienda una correcta identificación. Considerando la baja tasa de aislamiento de estas cepas en este estudio, la evaluación de la CMI de ciprofloxacino en todo aislado sensible a ácido nalidíxico podría no ser coste-efectiva. Alternativamente, proponemos un seguimiento periódico para detectar cualquier cambio de tendencia.

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